Así fue como descubrieron la variante Ómicron en Sudáfrica

(CNN) – En los primeros días de noviembre, los técnicos de Lancet Laboratories que descubrieron la variante Ómicron en Sudáfrica, encontraron características inusuales en las muestras que estaban analizando para detectar el coronavirus.

Básicamente, faltaba un gen en lo que sería un perfil genómico normal del virus. Las pruebas de PCR no detectaban uno de sus objetivos esperados, una señal de que algo había cambiado en el virus.

Pocos días después, se informó del mismo fenómeno en el Departamento de Patología Molecular de Lancet en Johannesburgo.

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La Dra. Allison Glass, patóloga de Lancet, dijo que el descubrimiento coincidió con un aumento de casos positivos de COVID-19 en partes de Sudáfrica.

En la provincia de Gauteng, que incluye a Johannesburgo, menos del 1% de las personas dieron positivo a principios de noviembre, pero esto aumentó al 6% en quince días y al 16% el 1 de diciembre.

El descubrimiento “generó preocupaciones de que nos esperaba otro aumento”, dijo Glass a CNN. “Nuestro primer pensamiento fue: ahí va nuestro tranquilo diciembre y las vacaciones de Navidad”.

Tres semanas después, lo que los científicos sudafricanos habían encontrado se conocería en todo el mundo como la variante Ómicron del coronavirus.

Aumentan los casos de la variante en Sudáfrica

El aumento en Gauteng no pasó desapercibido en la Red de Vigilancia Genómica en Sudáfrica (NGS-SA). Su director, Tulio de Oliveira, convocó una reunión para el 23 de noviembre. Le dijo a The New Yorker: “Un miembro de nuestra red nos informó que un laboratorio privado, Lancet Laboratories, había enviado seis genomas de un virus muy mutado. Cuando miramos los genomas, nos preocupamos bastante porque descubrieron una falla en una de las sondas en la prueba de PCR”.

El Centro de Respuesta e Innovación de Sudáfrica (CERI) aumentó rápidamente las pruebas de muestras en Gauteng y descubrió que la variante aparecía con mucha frecuencia. Tulio luego observó en Twitter que en menos de dos semanas la nueva variante “domina todas las infecciones luego de una devastadora ola la variante delta en Sudáfrica”.

El origen de la variante Ómicron es un misterio. Aún se desconoce dónde y cuándo surgió por primera vez. No hay un “paciente cero” identificable, la primera persona que se sabe que ha sido infectada con la variante.

Como dijo a CNN el director de los Centros Africanos para el Control y la Prevención de Enfermedades, John Nkengasong, el 30 de noviembre, “No podemos evaluar dónde se originó esto“.

“Los primeros casos fueron reconocidos e identificados en Botswana y posteriormente en Sudáfrica”, dijo Nkengasong. Pero señaló: “Identificar un virus, una nueva cepa o una nueva variante no significa que provenga de allí”.

“Bien podría ser una consecuencia de un brote, probablemente en algunas partes del África subsahariana, donde no hay una gran cantidad de vigilancia genómica y la tasa de vacunación es baja”, le dijo a CNN Michael Head, investigador principal en el mundo salud en la Universidad de Southampton, en una entrevista telefónica.

Tratar de rastrear los orígenes de la variante Ómicron puede ser inútil si ya ha estado en circulación por un tiempo.

Trevor Bedford, del Departamento de Epidemiología de la Universidad de Washington, dijo en Twitter que, según el análisis genómico de Botswana y Sudáfrica, “la variante Ómicron probablemente surgió mucho antes que cuando nos dimos cuenta, probablemente a principios de octubre“.

Kristian G. Andersen, viróloga del Laboratorio Andersen en California, adoptó una opinión similar y tuiteó: “Podemos estimar que basándonos en la diversidad de genomas muestreados y la mayoría de las estimaciones llegan a mediados de octubre (con amplia incertidumbre), por lo que creemos es relativamente joven“.

También se detectó un fuerte aumento en la carga viral de las aguas residuales en el área de Pretoria a fines de octubre y principios de noviembre.

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Hablando con Becky Anderson de CNN el miércoles, Michelle Groome del Instituto de Enfermedades Transmisibles de Sudáfrica dijo: “Nuestra vigilancia de aguas residuales nos alertó relativamente temprano sobre estos casos en el distrito de Pretoria”.

Pero los virólogos reconocen que están tratando con información muy preliminar en este momento sobre la evolución y características de Ómicron.

Ómicron pudo haberse transmitido a través de viajes

El aumento de infecciones a principios de noviembre puede haber sentado las bases para los muchos casos que ahora se identifican en otros lugares. La mayoría de los casos internacionales rastreados por CNN hasta fines de noviembre involucraron a personas que viajaron desde o a través de Sudáfrica o desde Mozambique, Malawi, Botswana y Namibia.

Por ejemplo, el 11 de noviembre, cuatro extranjeros que salían de Botswana dieron positivo para coronavirus, pruebas que más tarde (el 24 de noviembre, según el Ministerio de Salud de Botswana) revelarían la variante Ómicron.

También el 11 de noviembre, un hombre de 36 años de Hong Kong llegó a casa de un viaje de 20 días a Sudáfrica, viajando vía Qatar. Dos días después, mientras estaba en cuarentena, dio positivo. La secuenciación del genoma confirmó a que se trata de la variante Ómicron.

Varias personas que viajaron a Europa luego infectaron a miembros de su hogar, incluso en Alemania e Italia.

Un análisis de CNN de los datos disponibles públicamente muestra que alrededor del 90% de las infecciones por Ómicron registradas hasta ahora en Europa involucraron a personas que habían viajado a través o desde el sur de África.

Sin embargo, la secuenciación es bastante limitada en muchos países. Solo un porcentaje muy pequeño de las pruebas de COVID están sujetas a secuenciación, lo que lleva más tiempo que una simple prueba. Es casi seguro que los datos actuales subestiman la propagación de la variante.

No todos los caminos conducen al sur de África

Si bien algunos viajeros del sur de África ciertamente llevaron la variante, hay otros casos desconcertantes. Uno involucra a una mujer belga que había viajado a Egipto vía Turquía. Llegó a casa el 11 de noviembre y dio positivo por la variante 10 días después.

Varios casos confirmados en Canadá están relacionados con viajeros de Nigeria. El caso identificado en Arabia Saudita el 1 de diciembre fue el de un viajero del norte de África. Y un médico israelí dio positivo cuando llegó a casa de una conferencia en Londres. No había estado en Sudáfrica.

Ninguno de los nueve casos notificados en Escocia al 30 de noviembre tenía antecedentes de viajes, y todos habían asistido al mismo evento el 20 de noviembre. La primera ministra de Escocia, Nicola Sturgeon, dijo que “la falta de viajes conocidos o conexión al extranjero con estos casos sugiere que hay transmisión comunitaria de Ómicron en Escocia”.

También dijo que era poco probable que los casos fueran resultado de la conferencia sobre cambio climático COP26 celebrada en Glasgow del 31 de octubre al 12 de noviembre.

Ahora está claro que, sin importar cómo llegó a Europa, la variante Ómicron estuvo en el continente durante gran parte de noviembre. En los Países Bajos, el instituto de salud RIVM dijo que encontró Ómicron en muestras que datan del 19 y 23 de noviembre, la primera de ellas más de una semana antes de que los pasajeros de un vuelo de KLM que llegaban desde Johannesburgo fueran identificados como los primeros casos conocidos de esta variante en el país.

“Todavía no está claro si las personas afectadas (en los casos anteriores) también han estado en el sur de África”, dijo RIVM el martes.

Las dudas que deja en el mundo

Aún queda mucho por descubrir sobre la nueva variante del coronavirus: qué tan rápido se puede propagar, si puede evadir o debilitar las vacunas existentes, si solo dará como resultado síntomas leves para la mayoría de los infectados.

Por ahora, la variante delta sigue siendo la cepa dominante y representa el 99,8% de las secuencias globales cargadas en la base de datos GISAID, según el último boletín de la OMS.

Pero ese boletín también señala que “Sudáfrica, donde se detectó por primera vez Ómicron, ha experimentado un fuerte aumento reciente en el número de casos en varias provincias, coincidiendo con la detección de la variante Ómicron”.

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En la última quincena, Sudáfrica ha pasado de un promedio semanal de 290 casos por día a casi 3.800 casos diarios. Este miércoles, las autoridades reportaron 8.561 nuevos casos a nivel nacional. Las autoridades dijeron que tres cuartas partes de las pruebas positivas secuenciadas en la provincia de Gauteng fueron Ómicron.

“Nuestros casos están aumentando muy rápidamente, creo que probablemente a la tasa más rápida que hemos visto desde el comienzo de la pandemia, pero no está claro si esto se debe a una mayor transmisibilidad de la variante Ómicron o debido al escape inmunológico”, le dijo Michelle Groome a CNN.

El director general de la OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, dijo esta semana que “todavía tenemos más preguntas que respuestas sobre el efecto de Ómicron en la transmisión, la gravedad de la enfermedad y la eficacia de las pruebas, la terapéutica y las vacunas“, agregó.

Pero la evidencia emergente, aunque preliminar, indica que Ómicron tiene una ventaja. El mundo todavía se está enfrentando a una nueva variante del coronavirus que ya se ha extendido a casi treinta países en cuatro continentes.

Ghazi Balkiz de CNN contribuyó a este informe desde Johannesburgo y Zeena Saifi de Abu Dhabi.